Programmation dynamique et alignement de séquences

 

L’alignement de séquences se range dans les problèmes traitant les séquences de caractères comme du texte ou de la voix. Il a pour objectif d’associer, ou non, à chaque caractère d’une séquence, un autre caractère d’une autre séquence. Nous verrons dans cet article différents algorithmes de difficulté croissante et aborderons des applications qui se trouvent en génétique, en recherche d’information ou encore en linguistique comparative. Lire la suite

Recherche de molécules innovantes

Les molécules chimiques sont tout autour de nous, il y a bien entendu celles de synthèse qui font décrier la chronique, mais toute la communication du vivant est basée sur la chimie, à commencer par les odeurs. Comment traiter ces petits composés pourtant aussi importants ? Nous allons le découvrir dans cet article. Lire la suite

RADAR passif par intercorrélation de signaux acquis par deux récepteurs de télévision numérique terrestre

 

Après avoir étudié comment synchroniser deux récepteurs de télévision numérique terrestre (DVB-T) exploités comme source pour le traitement de signaux radiofréquence (radio logicielle), nous démontrons l’utilisation de ce montage pour réaliser des expériences de RADAR passif. Dans ce contexte, les signaux émis par une source non coopérative – dans notre cas émetteur de télévision numérique terrestre – sont recherchés dans les échos réfléchis par des cibles statiques ou en mouvement : la distance et la vitesse des cibles sont identifiées par le retard et le décalage Doppler introduit par la vitesse radiale. L’expérience, d’un coût de quelques dizaines d’euros, permet de se familiariser avec les techniques de traitement classiquement utilisées lors de l’étude de signaux RADAR. Lire la suite

Prédiction de structures secondaires de protéines

Les protéines sont des composants biologiques importants constitués par l’assemblage de briques élémentaires, les acides aminés. L’organisation tridimensionnelle d’une protéine est cependant difficile à prédire à partir de la succession d’acides aminés. Dans cet article, nous allons détailler une étape importante dans le processus de construction d’un modèle tridimensionnel, la prédiction d’éléments de structure secondaire remarquables. Lire la suite

L’Univers, ses galaxies et le machine Learning

Le ciel offre une variété étonnante d’objets célestes. Ces variétés ont fait l’objet depuis l’antiquité de classifications plus ou moins précises au fur et à mesure que les observations élargissaient le champ de nos connaissances. L’oeil et le cerveau humain ont su regrouper, expliquer et inventorier les éléments de l’Univers. Essayons alors d’utiliser la puissance du Machine Learning pour caractériser automatiquement ces galaxies lointaines et mystérieuses. Lire la suite

L’édito du hors-série spécial conteneurs !

L’adoption de plus en plus importante des conteneurs (principalement en utilisant Docker) et des orchestrateurs (majoritairement avec Kubernetes) montre l’engouement des développeurs autour de cette technologie. D’après une étude Datadog d’avril 2018 basée sur 10000 entreprises clientes de la société, environ 25% d’entre elles utilisent Docker et, parmi celles-ci, la moitié ont recours à l’orchestration. On peut également voir qu’en moyenne environ 8 conteneurs sont exécutés par hôte et que ce nombre a tendance à augmenter. La durée de vie moyenne d’un conteneur est d’environ 12 heures avec orchestration et 6 jours sans. La durée de vie d’un conteneur est donc particulièrement faible… Lire la suite